保护区内土壤主要是石质山地发育的灰褐土，此外尚有高山草甸土、亚高山草甸土、栗钙土和新积土。没有完整的分布带，往往是由于坡向的关系成地带性土壤复区。峡中山坡因地势较高，降水多，气温低，蒸发弱，植被盖度大，土壤主为灰褐色。由于地势和坡向的差异，引起气候和植物的变化，发育着不同的淋溶灰褐土。阴坡林地的地带性土壤为淋溶灰褐土。成土母质主为千枚岩、玄武岩、砂砾岩、火山岩等残积物、坡积物以及黄土物质等。一般肥力较高，有机质含量为1.63%，但土层较浅。阳坡次生林地和灌丛地的地带性土壤为碳酸盐淋溶灰褐土。成土母质与阴坡相同，但由于处地坡度较大，排水性好，光照充足，蒸发快，而碳酸盐反应强烈，多呈碱性，有机质含量低，肥力较差。海拔3000米以上地带，因空气湿度较大，气温低，植被多以灌丛、草本为主，故土壤由亚高山草甸土过渡到高山草甸土。前山各峡口东、西两侧的缓坡地带，属黄土母质上发育的栗钙土，黄土层堆积较厚，植被稀疏，蒸发量大，土壤干燥，有机质含量低，壤质疏松，透水良好，土层深厚但肥力较差。PH值为8，呈强石灰反应。保护区生物资源丰富，已经查明有大型真菌109种、高等植物1022种；蜘蛛昆虫类1135种、高等动物160种。它们是保护区可更新的资源，也是复合生态系统的主体。保护区原为道教圣地，可供旅游参观的景点很多，它们和复合生态系统主体一样，都应注意保护和合理开发利用。